1945年的云的彼端战争结束后，日本被划分为南北两个部分。约定美军统治着西半部的云的彼端青森县，而东半部则由北海道联盟掌控。约定在青森县高中，云的彼端少年藤泽浩纪和白川拓都暗恋着同年级的约定同学佐由理。尽管他们心中都有彼此，云的彼端还有对位于津轻海峡北端、约定高耸云端的云的彼端巨大“塔”的向往，三位少年少女约定制造一架小型飞机，约定飞向那神秘之地一探究竟。云的彼端然而好景不长，约定佐由理在东京转学后，云的彼端两人因距离和各自的约定生活逐渐疏远。多年后的云的彼端某一天，佐由理突然生病陷入沉睡，这突如其来的病症再次将三人聚在一起。他们发现，佐由理的病症与塔的力量有着神秘的联系，而塔本身似乎成了南北冲突的新据点。面对即将到来的战争与个人命运的抉择，浩纪重返青森，拓也则继续留在东京。三人在塔下相遇，共同探讨如何解开这复杂的谜题。他们必须在挽救挚爱与拯救世界之间做出选择，而云的那一端，或许就是最终的答案——他们曾经约定的地方。